En el sorteo hubo dos grupos de equipos. Una vez conocidos los 32 equipos clasificados para la primera fase de la competición, se realizó un sorteo en Mónaco el día 24 de agosto de 2006, camiseta manchester united para repartirlos en ocho grupos de cuatro equipos cada uno. En cada grupo todos los equipos se enfrentaron entre sí en un sistema de ida y vuelta. El Villarreal fue elegido además por la LFP como el mejor club del mes de diciembre, en el que el equipo contó todos sus partidos por victorias.
