En torneos Masters 1000 lidera Nadal sus enfrentamientos particulares por 13-2, destacando la final del Masters 1000 de Madrid en 2013 que venció el español. Stan Wawrinka y Rafael Nadal se han enfrentado en 22 ocasiones. En los ATP Tour 500 se han enfrentado únicamente en una ocasión, en la final del Torneo de Stuttgart en 2007, con victoria también para el español. A pesar de que el suizo no pertenece al denominado Big Four, ambos se han enfrentado en los torneos más importantes del circuito llegando a protagonizar grandes duelos.
